Енисейский район расположен в среднем течении реки Енисей. Узкая приенисейская полоса занята Среднеенисейской долиной (равнина с елово-пихтовыми, сосновыми лесами и пойменными лугами).
С востока к ней примыкают низкогорья Енисейского кряжа со среднетаёжной растительностью. Большая левобережная часть района находится в пределах Западно-Сибирской равнины и занята с севера Кас-Кетскими, а на юге – Кеть-Чулымскими возвышенностями и Среднеенисейскими высокими равнинами с темно- и светлохвойными лесами средней и южной тайги (кедр, пихта, ель, сосна и вторичные – берёза, осина).
Климат низкой и средней суровости. Вся территория находится в прохладном и достаточно увлажнённом агроклиматическом районе.
